基本的に、内装指針書を遵守しなければなりません。
内装指針書を作成するにあたり、内装監理室は、行政各所と協議して作成してあります。
建築基準法、消防法、各条例等を総合的に考慮して、最終的にその商業施設を建設するのに最低限のルールをまとめているのが、内装指針書と考えてください。
それでも、どうしても納得いかない場合は、質疑書に記載して内装監理室に質疑を上げて回答を貰ったほうがいいです。
勝手な判断で設計した場合、建物として法規に適応しなくなる場合もありますし、テナント設計のやり直しとなり、工期に乗らないこともありますので、注意してください。