質問内容から、ある程度は同時進行で、見積金額に納得した後に賃貸借契約が無難だと思います。
賃貸借契約後に内装の見積金額を理由に別の物件を探す場合、賃貸借契約は中途解約になり、少なくと３～６ヶ月分の賃料を支払う必要があると思います。
（契約によっては、別途違約金の可能性あり）また、見積金額算出後に賃貸借契約の場合は、もしかしたら第三者が先に賃貸借契約をしてしまう可能性が考えられます。
ですから、どうしても気に入った物件であれば、内装の見積り金額が提示されるまで、店舗の契約に関する第一優先権を得ておく必要があるかもしれませんね。
内装の費用を見積り金額を算出にあたり、店舗の図面のコピーをもらうことや内装業者と一緒に店舗を内覧することも仲介業者（大家）にお願いすれば一般的には対応してくれますよ。