ご心配されているとりバリバリ消防法に抵触する可能性があります。
厨房の位置関係によっては非常導線の確保が困難で根本的な設計の部分からそもそもダメということがあります。
厨房設計もやられるのでしょうか？だとしたらいきなり２、３階の複合フロアの店舗は結構大変です。
飲食店であればクリアーするのは保健所の査察と消防署の査察です。
この２つをクリアーしないと営業許可がおりずに、施主と係争になるという最悪のケースも考えられます。
保健所は検査の時だけ流しを設置するとか、食器棚に蓋をつけるなどの対応で殆ど問題ありませんが、消防に関しては業種によりますが、いろいろめんどくさいことは多いです。
可能であれば飲食店内装経験者に現場に入ってもらうのが一番ストレスがないと思います。