まず、結論から申し上げると、あなたは、信頼のおける仲介業者を通じて、不動産価格から保証金額を控除した値段で買ってくれる需要者を見つけ売却することがベストです。
文章を読む限りにおいては、不動産全般に関して知識や経験が欠けていることが伺えますので、あなた方がこのまま賃貸経営を続けて行くことには困難性が漂っている感じがします。
売却をお勧めするのは、傷が浅い？うちに…、ということです。
とりあえず、質問者さんの問いには回答しておきます。
1．について保証金の償却ということでしたら、相場というものに左右されるのではなく、例えば保証金の○％などと契約書で通常は決められています。
また、事務所はともかく、店舗はスケルトン貸しで、賃借人負担でスケルトン返しする契約となっており、条項として明記されていることが多いです。
2．について極めて、甘すぎる認識です。
各テナントには立退きをあっさり拒否され、裁判所で「正当事由」を満たしていると判断される可能性も低く、立退き料の提示についても、現在の保証金の額どころではない額をあなたは各テナントに対して支払わなければならない結果となるでしょう。
3．についてこれからも修繕費用はかさんでいくはずなので、厳しいでしょう。
また、仮にどこかのテナントが自主的に退去する場合には、保証金返済のために借金しなければいけない可能性もあるのではないでしょうか？”他にいい方法”は、最初に述べた方法だと思います。
保有を継続して傷を深くするよりも、この段階で、「損切り」と割り切って、売却に踏み切った方が、結果としてはお金は残ると思います。
建物の状態やその地域における需給動向が分からないので何とも言えませんが、各テナントが相場より低廉な家賃でない限り、取引利回り（≒賃貸収入÷売却価格）が、（10～）15％ぐらいを目安に買ってくれる人（不動産業者？）はいるのではないでしょうか？せっかくの相続財産ですから、あまりにも買い叩かれないように注意はして下さい。
これを防ぐために、文頭で「信頼のおける」と書きました。
私見ですが、参考になれば幸いです。