工事変更内容と金額を記載した工事請負変更契約書を工事会社と締結しなければなりません。
そうしておかないと、工事会社があなたの変更希望を聞いていても、無視して工事を進められた場合、契約通りに支払わなければならなくなります。
変更内容について、工事会社と話し合って、変更契約を結ぶことをお勧めします。
その場合、すでに資材の手配等が済んでいるとなると損害金（たとえば工事はしないが資材原価は請求されるなど）が発生する可能性があります。
あとは工事会社の対応次第ですので、すでに工事に入っているようなら、担当者と速やかに打ち合わせるか、契約通りに工事を進めて工事代金を支払うか、あなた自身が決めなければなりません。
契約書はそんなに軽いものではありませんので、よくよく話し合って、納得できるものになってから取り交わすものです。
ご注意ください。