契約書に記載の無い事項は原則は相談に成りますが・・・・今回のようなケース（特需）は話合いしか解決方法は無い気がします・・。
確かにオーナーは地震保険などに加入してますが原則、建物にテナントへ不備の無いような躯体（構造上）に損傷があるものを優先して直すのが一般的です。
当然、外壁や入居に当たり支障が出るような損傷(躯体など）はオーナーで負担するはずですが・・・店舗内の内装などは可哀想ですが、あなた側で支払う事（オーナー側に非があれば別ですが天災などは非が無いと思います）に成る気がします・・。
すなわち、あなたの店舗の内装の損傷はオーナー側の不備（修繕怠慢などの理由で起きた損傷など）による被害では無く、天災的（予想できない事での損傷など）な被害と言う位置づけになると理解しますので、内装に関してはやはり・・・仕方ないのでしょうが・・あなた側で改装しざるを得ない状況だと思います・・・。
これから沢山こういう事例が出てくると思いますが建物がまだ存在（営業再開できる可能性があるだけでも・・・）しているだけでも良しとすべきと気持ちを入れ替え頑張ってください・・。