①意匠以外の設計は専門業者ではないと不可能？絶対に不可能です。
全ての専門職を置いている設計事務所は皆無です。
居ても設備、電気、位です。
②入札から漏れた各業者がかかった設計や調査費用の支払義務は発生する？不必要です。
がキチンと設計料金（構造、意匠、設備、電気、厨房機器等）やデザイン料金を支払いして入札するなら 入札業者は設計や調査の必要はありません。
③合見積での価格競争では質の低下を招く？公共工事でもおきています。
④建築士の資格がない人間が内装設計するのは違法？違法ではありません。
あくまでもデザイナーです。
大手ＨＭでもお客様との打ち合わせに連れてきますよ。
⑤お勧めする行動デザイン等が気に行って契約しているなら合い見積もり等は諦めた方が良いですよ。
それかデザイナーさんに腹割っていくらデザイン料と実施設計費を払えば入札にして貰えるのか聞けば良いですよ。
でも金額を聞いて気まずくなる可能性もありますよ。
＊追記修正 補足回答過去に手がけた３店舗を訪問したが施主とは良好な関係であった。
＊３店舗も紹介出来るのは間違いなく素晴らしい良いデザイナーと思われます。
図面自体は気に入っている。
＊図面＝デザインや間取りが気にいっているならそのままローコストを提案して貰う。
デザイナーと工務店とが一緒に３店舗を勉強しながら（デザイナーや工務店の各不足部分を補いながら）二人三脚で施工してきた可能性も十分考えられます。
現場はマンション１階で内装のみ設計料は30坪の店舗で設計料＝50万＋工事費＝1600万(厨房含)＊居酒屋の厨房機器や据え付け費にテーブルや椅子（既製品）、照明器具等を一切別途（建築工事以外）にした金額を記入されていませんので勝手に想像して、建築工事費以外は３００～５００万円位と思いますので１６００－４００＝１２００万円＊デザインや設計料が５０万円は安すぎます。
普通ならデザイン設計監理費で安くても１００万円と建築実施設計料（建築、電気、防災、給排水ガス、換気、空調、厨房機器）が１２０万円位の合計で２２０万円位ではないかな（焼き物の臭い、煙対策、マンション側との計画調整等タイヘンな為）＊建築内装工事費が３０坪で１２００－２２０＝９８０万円なら外部玄関廻り看板等も入れたら安いと思われますよ。
（でも現場を確認していませんので勝手に想像して記入しています。
）＊居酒屋さんのグレードやデザイン等がわかりませんので 私の経験で記入しています。
＊＊今回は予算オーバーな為入札にしたいとの事ですが 最初から業者決定は入札にしたいと伝えていないと思われますので超難しいと思われます。
ただ単純にデザイナーさんに諸事情により予算オーバーと伝えるのがいいのではありませんでしょうか。
３店舗も紹介出来る素晴らしいデザイナーさんと思われますので（初めから総予算を伝えていたら別ですが）予算に合った物に変更して貰えるのではないでしょうか。
二人三脚（デザイナーと工務店さんら）で施工してきた人達に入札で安い業者がきても これは図面に記入されていない、そんな施工方法は出来ない等 追加工事になるトラブルがおき イメージと違う居酒屋になったり 最終的にはオーナー側が負担しないといけないことになりますよ。
（デザイナー側が負担できませんし デザインや設計料を２００万円を出しても完璧な図面にする技術が無い可能性が高く感じられます。
）ほんの少しでも参考にして頂けたら幸いです。