大阪で設計事務所をしています。
既設の建物の店舗スペースでの内装工事に関してですね？トイレが初めから取り付けてあって、始めの調査時の採寸が間違っていて後日寸法違いが発覚したのですね？今は工事が始まっている段階なのでしょうか？それともまだ計画段階なのでしょうか？計画段階なら、トイレを触らずに計画を変更する方法もあるかと思います。
その時の計画変更の費用は設計者持ちとなるでしょう。
工事が始まっていてその段階で発覚したのであれば、施工者も含めた話し合いになるでしょうね。
と云いますのは施工者は図面通りに施工出来るかどうか調査し疑義があれば、直ちに設計者に問い合わせする義務があるからです。
設計図通りに工事したら納まらなかったは、施工者は云えないのです。
また、退去後のの現況復旧の話しは家主との話し合いかと思います。
現況復旧が原則でしょうが、ダメモトで一度家主と相談されてみては如何でしょう。
現場を速やかに進行させようと思えば、関係者相互の努力が必要です。
特に店舗工事等の既にある施設の中で行う作業は、設計者・施工者の責に帰す事の出来ない問題も発生する事が充分予想されます。
そんな時も関係者全員の協調体制で乗り越えねばなりません。
柔軟な発想をされて対処される方が宜しいでしょう。