間違っていたら申し訳ないが．．．．坪単価の意味を取り違えていると思う。
多くのハウスメーカーは、本当に見積する場合も「坪単価」が基準となるが、通常は坪単価って、目安でしかない。
おそらく、質問の意図は、内装が別発注になる部分と、内装込みでやる部分。
それぞれ坪単価契約する場合の計算方法を教えろってことではないでしょうか？で、こういう場合、「坪単価」ってあまり意味がない。
店舗の内装以外と、住居部分を担当するＡ工務店。
店舗内装を担当するＢ工務店。
Ａ工務店から出てきた見積に対して、住居部分の坪単価っていくらになるの？ここで、無理やり坪単価をはじいてそれが何になるのだろう？どうしても、住居部分の坪単価が知りたい場合は、Ａ工務店の見積書も店舗部分と住居部分とに分けてだしてもらうしかないね。
Ａ工務店から、住居と店舗に分けてもらったら、面積で割ればよい。
その数値って結局目安でしかないけどね。