質問者が思ってるより、問題はより複雑かもしれません。
住宅ローンでの借入であれば建築基準法の確認申請は「専用住宅」で確認済になってるはずです。
用途変更（専用住宅→店舗併用住宅）の申請自体は可能と思いますがその店舗部分が用途地域で建築が認められている用途か否か？というが問題あります。
登記に関して言えば確認済証及び検査済証の用途が「専用住宅」になっていても土地家屋調査士の現地調査の段階で店舗部分が存在するのであれば「居宅」での登記申請には躊躇すると思います。
（厳密に言えば、虚偽の申請になってしまいますからね。
）というより、質問者が「居宅」で登記してくれといっても調査士は「店舗・居宅」での申請しかしないと思います。
火災保険については目的が「住宅」の契約で火災等（風災、水害含む）の損害が発生した場合一応、保険金支払いの対象にはなりますが「住宅→一般（併用住宅）」への契約変更及び保険料の追徴が終わらないと保険会社は保険金の支払いを行なわない（出来ない）と思います。
場合によっては、「店舗・居宅」に登記を変更した登記簿の提出が必要かもです。
変更登記になると権利者（抵当権者）の同意が必要になってきますので金融機関との問題が出てきます。
又、店舗部分の什器備品についていえば建物が専用住宅だと契約自体、出来ないのではないでしょうか？（専用住宅収容の什器備品という契約はおかしいでしょ？）事業資金の問題も有るかとは思いますが、今のままでは、どこかで必ず躓きが出てくるとおもいます。
正攻法で行かれたほうが良いかと・・・。