基本は、借りたときと同程度の状態にして返すということです。
住居の場合、クロスの張り替えや畳替えなどされた状態で借りる場合が多いのですが、店舗の場合、そこまでしないケースが多いです。
今回の場合、最初から汚れていたのなら、同レベルでいいはずです。
ただ、現状回復確認後に敷金を返還する場合、どうしても交渉は家主有利になります。
契約途中の解約の場合や、営業中の音や臭いに問題などで、家主さんが感情的になっている場合もあります。
また、賃貸マンションを経営されている大家さんの場合、マンション並みに現状回復するものと思い込んでいる方もいます。
仲介の不動産屋に、借りた状態を確認し、交渉してもらうのがいいと思います。