飲食店舗工事を主におこなっている工務店です。
3年で腐食とはかなりのスピードですので、その原因追究が一つのカギです。
腐食なので水が原因でしょうか？問題の床の場所はどのあたりでしょうか？それが内外部より普通に水が回ると想定できるようなところであれば、防水処理や下地設計の件で話ができると思います。
飲食であれば厨房からの漏水もありえます。
もちろんこれも工務店の瑕疵です。
逆に例えば掃除の際、水びたしのモップで毎日、床掃除をしたなど、テナント側の使用方法が問題であれば、工事業者の言い分もわかります。
また、万が一、外壁や、屋根からの雨漏りが原因であれば大家さんに話ができます。
1年は最低限の担保期間とはいうものの、2、3年の間は相互の常識の範囲での話合いが普通ではないでしょうか？ただし、契約書を交わしていれば記載以上のことは責任を負うことはありませんが、強引にいくのであれば、店が開けられないので休業補償を請求すると言えば、工務店としてはややこしいので今回は無料で、、、となるかも知れませんね。
あと、今はその個所だけかもしれませんが、別の箇所は問題ないのでしょうか？床を開けた際、十分に確認をして、まかせっきりにせず、十分目視してください。
最後に今後も踏まえ、業者選定にも十分気を付けて下さい。