それは大変ですね。
実は内装業者には法的責任の追及は難しいのが現状です。
ここに設計士が入っている場合は別です。
元の図面（確認したもの）は持っていらっしゃいますか？取り合えず責任者を呼んで今後どういった対応をしてくれるのか聞いてみてください（録音は必要）また工事も一旦止めて「話し合いが解決しないとお金を払わないし、遅延損害も発生します。
納得できれば払います」と言ってみてください。
払わないだけでは嫌がらせとなり、相手に有利になります。
店内の写真もまめに撮ることが必要です。
消費者センターにも電話してみてください。
でも本当の解決にはつながりませんが多少の手立ては教えてくれます。
作業スペースは効率上、必要な場所です。
直すとなると幾らなのか？腹が立っても直しの3割くらいは腹の中で覚悟してください。
ローンを組んだ場合、工事会社の名前を書きましたか？それを変更するのにお金を要求するかも知れません。
それは断固として反対するかは自分次第です。
どこかで踏ん切りをつけて出発するのも大切です。
お辛いでしょうけれど頑張ってください。
補足そうだったのですが、お気の毒です。
設計・施工ですと・・・本来は分離発注でないといけないのですが・・・それなら図面変更のときに印鑑などを押しましたか？それによっても違いますが、まず工事を止めて写真をとります。
写真は何かあれば裁判で通じる画素数のもので撮影してください。
今までの書類などを全部整理しまう。
設計・施工が一緒と言うことは、最初は工務店を探して依頼したと言う事ですね。
他の設計事務所に相談してみてください。
施工が一緒になっていない所へ・・・大抵は無料で知恵を貸してくれます。